Большинство вирусов заражают один и тот же файл или загрузочную запись только один раз. Такие вирусы перед заражением нового файла проверяют, не был ли он заражен раньше. В качестве признака, по которому определяется заражение, могут использоваться нестандартное время создания файла (операционная система MS-DOS позволяет устанавливать время создания файла 62 секунды), заведомо неправильная дата создания файла (например 2001 год). Более сложные вирусы определяют факт заражения поиском своей сигнатуры и т. д.

Самые примитивные вирусы могут заражать один файл по нескольку раз. Размер такого файла будет постоянно увеличиваться, значительно сокращая объем доступной дисковой памяти.

Несколько разных вирусов могут заразить один и тот же файл или загрузочную запись. Когда такой файл запускается, то сначала управление получает один вирус, затем другой и наконец выполняется сама зараженная программа.