Несмотря на то, что выполнимые файлы Windows, которые вы можете запускать, также имеют расширение EXE, формат этих файлов значительно отличается от выполнимых файлов операционной системы MS-DOS. Новый формат выполнимых файлов получил название Microsoft New Executable (NewEXE) или Windows Executable. Мы будем называть эти файлы выполнимыми файлами в формате Windows. Обычные вирусы не в состоянии правильно внедриться в такие файлы и зараженная программа становиться неработоспособной.

Однако, несмотря на то что Windows установлена на большинстве персональных компьютеров, старые вирусы не вымерли. В первую очередь это произошло из-за того, что работа в среде Windows совсем не означает отказа от программного обеспечения MS-DOS. Существует достаточно много нужных программ, предназначенных для работы в MS-DOS. В первую очередь это небольшие утилиты - программы-архиваторы, программы для копирования дискет - и, конечно же, огромное количество всевозможных игр. Естественно, все это программное обеспечение используется и будет использоваться еще очень долго.

Но даже полный отказ от программ MS-DOS не снимет угрозу распространения вирусов. Во-первых, остается возможность заражения загрузочных секторов жестких дисков и дискет. Во-вторых, внимание писателей вирусов рано или поздно переключиться на Windows и появятся новые типы вирусов, способных функционировать и распространяться в новой среде. Подтверждением этому стали вирусы, заражающие выполнимые файлы Windows, и вирусы, заражающие документы, подготовленные в текстовом процессоре Microsoft Word for Windows. В начале 1996 года, практически сразу после появления Microsoft Windows 95, появилось сообщение о первом вирусе, разработанном специально для этой операционной системы. Этот вирус получил название BOZA.