В операционной системе MS-DOS существует специальный вид программ, называемых драйверами. Драйверы запускаются только на этапе загрузки операционной системы, во время ее инициализации и интерпретации файла конфигурации CONFIG.SYS. Файлы драйверов обычно имеют расширение SYS.

Ряд вирусов разработан специально для заражения драйверов. Такие вирусы дописывают свой код к файлу драйвера и модифицируют его таким образом, чтобы вирус остался в оперативной памяти компьютера после загрузки драйвера.

Основные файлы операционной системы IO.SYS и MSDOS.SYS также могут быть заражены. Интересно, что в Microsoft Windows 95 файл MSDOS.SYS не содержит исполняемого кода, а предназначен для хранения параметров конфигурации системы:

[Paths]
WinDir=C:\WIN
WinBootDir=C:\WIN
HostWinBootDrv=C

[Options]
BootMulti=1
BootGUI=1
Network=0
;
;The following lines are required for compatibility with other programs.
;Do not remove them (MSDOS.SYS needs to be >1024 bytes).
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxa
...
;xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxs

Естественно, в случае заражения этого файла Windows 95 перестанет правильно работать.